由于生化培養箱的使用方式，污垢和細菌會殘留下來。如果不消毒，下一次使用中難免會出現錯誤，甚至有實驗失敗的可能。該設備常用于環境保護、衛生防疫、藥檢、農畜、水產品、科研、高校、生產部門、水質分析及生化需氧量測定、細菌、霉菌、微生物、栽培、保鮮、植物栽培、養殖實驗等。

生化培養箱的消毒方法比較簡單，不同的使用者采用不同的消毒方法：

1、先用75%酒精擦拭內壁，再用甲醛高錳酸鉀熏蒸一晚，打開紫外線燈通風一周。

2、先用75%酒精擦拭內壁，通風10分鐘，紫外線照射30分鐘。

3、用70%乙醇擦洗，再用0.1%神經酰胺擦洗，再用高錳酸鉀和甲醛按1:1的比例擦洗。

4、平時注意清潔周圍環境。使用后，先用純水擦洗，再用95%酒精擦洗，再用紫外線照射。

這樣，使用后對生化培養箱進行清洗消毒，保證再次使用時清潔無污染。